本所提供廣泛的學習課程，《生物技術》以及《分子生物學原理與技術》為碩士學生必修的兩門課程，而《生物化學特論》與《生物技術特論》為博士學生的必修課程。
本所碩士班課程規劃中的軸心結構是四門必修科目。「分子生物學技術與原理」從原理與應用的觀點說明近代分子生物學賴以蓬勃發展的諸項核心技術。「生物技術」闡述近代生物技術應用的發展歷程與其在醫藥、農業、工業、環境等領域的研發實例。「專題討論」著重學生思辨能力與口語表達能力的養成，「畢業論文」主要是訓練學生研究工作的執行技能與報告的撰寫。畢業生將來無論是從事學術性質的研究工作或投入產業發展的行列皆需要具備上述知識與技能。相對的，選修課程的規劃著眼於輔助功能。在選修課程中有一群屬於提供基礎學識與技術平台的科目，能強化畢業生從事生技研發(究)的能力；而另一群是屬於本所教師專長研究的領域科目(病原與寄主關係、植物分子生物兩大課群)，對有志深入該等領域研究的學生有極大的幫助；智財管理與產業實務的科目對要投入產業發展的學生而言能提供重要且基礎的觀念；另外，文獻研討與科技寫作能培養學生科技英文文章的閱讀與書寫能力，並在科技發展的觀點上培養學生的國際觀。
本所博士班課程規劃也是含四門必修科目與相同於碩士班的選修科目組合。博士班必修課程以學生參與討論的互動方式作為教學基礎，使他們不僅掌握淵博的知識，也培養批判性的觀點。「生物化學特論」與「生物技術特論」採用團體討論的方式授課，成員包含五〜八位教師與修課學生。修課學生會被指定1~2名指導教授，針對某一選定的生物議題(前者)或生技程序(後者)作深入的文獻回顧，在課堂上就該議題(程序)的背景、重要性、研究常用策略方法、與最新模型(式)等給予詳細的論述，並對聽講者的所提的質問進行辯護與討論。「生物技術特論」同時要求學生撰寫一分研究計畫書，使學生能理解計畫書撰寫的要點。經過這兩門課的洗禮，學生在思辨推理、整合歸納、議題闡述，與撰寫計畫書等方面的能力多能有長足的進步，對訓練博士畢業生成為獨立研究者具有重要的功能。
除此之外，選修課程包括《分子生物學技術》*、《生物資訊學導論》、《分子發育生物學》、《植物分子發育》、《植物基因組學》、《植物基因選殖技術》、《核酸結構與功能學》、《分子病毒學》、《細菌分子遺傳學》、《生化工程導論》、《生物反應器》等。學生亦能依照研究需求或興趣選擇本校其他系所的課程。整體的課程是以滿足本所的教育目標作為規劃準則。
*《分子生物學技術》含講授與實驗操作
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捐款致謝
20150306-感謝蔡慶修老師捐款5000予本所研究發展所用(1041300058)
